在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。个性阳光开朗，运动万能的大门界人（浅沼晋太郎 配音）、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门（福山润 配音）、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克（宫田幸季 配音）、学生会会长轴川总司（石田彰 配音），在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险

TVアニメ『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』2013年、第3シリーズ放送決定！「パズルタイムは終わらない！」2013年、『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』第3シリーズの放送が決定いたしました！「ファイ・ブレイン」らしい、驚きに満ちた物語をお届けすべく、鋭意制作進行中です！新たなカイトたちの物語にご期待ください！「来年まで待ちきれない！」そんな方は、来週9月30日（日）午後5:30から放送予定の「もっと×2 神のパズル スペシャル」や、10月7日からの第1シリーズ再放送などを見ながら、しばし