故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当